I dipinti alle pareti dell'ingresso e del corridoio sono di autori contemporanei, alcuni dei quali cappuccini.Sala I: due ante di polittico raffiguranti rispettivamente S. Francesco e quattro fedeli, S. Bernardino e quattro fedeli (nn. 2 e 4) di ignoto marchigiano del XV sec.; un ritratto di S. Bernardino (n.5.) di Sano di Pietro; una tavola di scuola toscana intorno al 1260, raffigurante S. Francesco con la regola (n. 3); ante di polittico con S. Francesco e, nella cuspide, S. Ludovico di Tolosa (n. 7) a mezza figure, di scuola marchigiana, datata 1489; una tavola di maniera bizantina del sec. XVI con La Vergine, il Bambino, S. Giuseppe e S. Antonio di Padova (n. 9); frammento di polittico raffigurante S. Bonaventura che benedice un fratello (n. 10) di ignoto marchigiano con influssi veneti.Sala II: pitture su rame di piccolo formato e di culture popolare, tutte, o quasi, raffiguranti tra gli altri san Francesco, santa Chiara e altri santi francescani. Tele con S. Francesco in preghiera, attribuite ad Agostino Carracci (n. 20) Morazzone (n. 21) e Lebrun (n. 23). Tavoli del sec. XVII addossati alle pareti reggono oggetti vari, per lo più ceramiche con lo stemma francescano.Sala III: dipinti con S. Francesco confortato da angeli. Bozzetti di Giovanni Battista Piazzetta (nn. 18 e 22), tele del Domenichino (n. 20) e bozzetto su rame con S. Francesco confortato da un angelo che suona il violino attribuito a Carlo Saraceni (n. 23). In un vano di comunicazione con le salette che circondano il cortile è esposto un tabernacolo in legno e avorio (n. 25) proveniente dalla chiesa conventuale di Avezzano distrutta dal terremoto.Sala IV: esposizione di dipinti con storie della vita di S. Francesco. Allo spagnolo Cerezo è attribuita la tela raffigurante S. Francesco fra le spine (n. 9), a Cristofano Allori una grande stigmatizzazione (n. 10) e al bolognese Annibale Carracci S. Francesco con libro, croce e teschio in meditazione (n. 16); a Gherardo van Honthorst, detto Gherardo delle Notti il dipinto raffigurante S. Francesco che legge al lume di candela (n. 18) con effetti notturni tipici di quel pittore; San Francesco e santa Chiara accanto al presepio, pittura su tela di Seghers (n. 28); un Paesaggio con animali sparsi e stigmatizzazione di S. Francesco (n. 29) è firmato e datato Paolo Bril 1583. Su una base non pertinente è poggiato un trittico portatile con la Madonna in trono col Bambino, ai lati la Vergine Annunziata e l'Angelo Annunziante, e sotto la Nascita di Cristo e la Presentazione al Tempio (n. 36), attribuito a Ludovico Brea.Sala V: dedicate a S. Antonio, raffigurato in numerosi dipinti e statue, fra cui una in legno dorato del sec. XVI (n. 31), una in legno policromo di scuola spagnola del sec. XVI (n. 3), una terza in legno dipinto e dorato, anch’essa di scuola spagnola del XVII sec. (n. 21).Sala VI: numerose opere raffiguranti personaggi illustri in relazione coll'Ordine Francescano. Sala VII: opere di questo secolo, fra cui diverse del pittore cappuccino Efrem da Kcynia.

Nelle salette intorno al cortile sono esposti soprattutto disegni e incisioni.

Saletta I: disegno a sanguigna di G. Grégoire riproducente un quadro di van Loo con S. Francesco in estasi sostenuto da un angelo (n. 2). Saletta II: disegno con S. Francesco che presenta le anime al Giudizio finale (n. 5), attr. a Murillo, e l'altro con S. Francesco confortato da un angelo che suona il violino (n. 8), di Palma il Giovane. Saletta III: disegno con S. Francesco stigmatizzato (n. 2) di Palma il Giovane. Saletta VII: Cappuccini pompieri nella città di Rouen (n. 6), disegno di F. Luzeau; Coro dei Cappuccini, tela di Francois Granet (n. 8), Cappuccino predicante (n. 9) incisione di L. Lulken. Saletta VIII: i quattro episodi della vita di S. Lorenzo da Brindisi (n. 9) bozzetti di fra Felice da Sambuca del 1783. Saletta X: il disegno con S. Francesco che riceve le stigmate attribuito a Rembrandt (n. 5). Saletta XI: di Jacques Callot il disegno acquarellato con Esecuzioni capital) (n. 10). Saletta XII: S. Francesco ai piedi della croce è firmato "Bologna, Lodovico Caracci di 18 anni fece" (n. 4).