Lungo la scale che porta alla Galleria di sotto sono esposti terrecotte smaltate, rilievi e ceramiche.

Sale I-VIII: dipinti dal XVII al XX sec., disegni, incisioni, miniature, marmi scolpiti e incisi, ceramiche (prevalentemente vasi da farmacia), paliotti d'altare, oggetti vari fra cui orologi, scatole, leggii, ecc. Ricordiamo un paliotto di cuoio dipinto, lavoro spagnolo del sec. XVII (Sala II, n. 5); un acquerello inglese del XVIII sec. raffigurante l'Antico tunnel di Piedigrotta a Napoli (Sala IV, n. 1). Nella Sala V è esposta una selezione delle incisioni conservate nel Gabinetto delle Stampe del Museo. Nella Sala VI è esposto il dipinto con S. Serafino che risana due duellanti feriti, di Gaspare Traversi (n. 23); si segnalano ancora i vasi da farmacia dell'armadio 61; l'acquasantiera a forma d'altarino, ceramica dell'Italia centrale del sec. XVIII (n. 64). Nella Sala VII è esposta una striscia di lino del sec. XV a sfilato siciliano con raffigurazione della Stigmatizzazione di S. Francesco (n. 23). Nelle salette intorno al cortile sono esposte pitture su vetro (Saletta 1), miniature e ricami (Salette 11 e III), rilievi e statuette (Saletta IV) incisioni e disegni (Salette IV-X) e infine manufatti vari provenienti dalle mission) cappuccine.Nella Direzione sono conservate altre opere di pittura, scultura e delle cosiddette "arti minori".