Il presidente dell'Istituto, che è anche Superiore della fraternita, viene nominato per un triennio dal Ministro Generale dell'Ordine dei Frati Minori Cappuccini, con il consenso del Definitorio, previa consultazione della fraternità dell'Istituto.

Nella storia si susseguirono i seguenti presidenti dell'Istituto:

Cuthbert of Brighton 14.11.1930-22.03.1939

Melchior de Pobladura 28.03.1939-24.101965

Isidoro (Agudo) de Villapadierna 19.11.1965-05.12.1971

Servus Gieben (de St. Anthonis) 05.12.1971-01.01.1978

Isidoro (Agudo) de Villapadierna 01.01.1978-03.02.1981

Mariano D'Alatri 03.02.1981-30.01.1987

Germán Zamora Sánchez 30.01.1987-02.03.1990

Vincenzo Criscuolo 02.03.1990-05.04.1999

Servus Gieben 05.04.1999-01.04.2005

Leonhard Lehmann 01.04.2005-11.04.2008

Aleksander Horowski 11.04.2008-25.06.2014

Yohannes Teklemariam 25.06.2014-29.06.2017

Daniel Kowalewski 29.06.2017-